1. 基于角色的訪問控制（RBAC）模型：
系統根據不同用戶角色分配相應的權限。例如，監管人員只能查看和審批提交的文件，而無法修改或刪除文件；制藥企業用戶只能訪問自己提交的文件，無法查看其他企業的數據。
2. 多因素認證（MFA）機制：
結合密碼、動態驗證碼和生物特征認證等多種方式，提高系統訪問的安全性。只有通過認證的用戶才能根據其角色權限訪問相應的文件。
3. 會話管理策略：
設定會話超時時間，防止因長時間不操作而導致的安全風險，確保用戶在有效會話期間內根據權限訪問文件。
4. 審計追蹤與日志管理：
系統記錄所有用戶的操作日志，包括登錄時間、訪問內容、操作類型等詳細信息。這些日志采用防篡改技術存儲，可以作為事后的審計依據，確保文件訪問和操作的可追溯性。
5. 權限管理功能：
一些eCTD解決方案（如docuBridge）可實現集團與分子公司統一部署，按項目管理需要靈活配置用戶權限。例如，可以設置使用電腦用戶名及密碼登錄eCTD系統，還能對用戶行為、申報資料編制情況、文件使用情況等實時記錄，可生成/導出審計追蹤報告。
6. 精細化的權限設計：
部分軟件（如eCTDmanager）有精細化的權限設計，可以根據客戶需求按module分工，或者按照Edit、Read角色分工，從而實現對文件權限的管理。
